Pour mieux anticiper les crises sanitaires futures, la France a mobilisé ses forces autour du consortium EMERGEN 2.0, une structure innovante dédiée à la surveillance et à la recherche génomique des pathogènes émergents. Mis en place par Santé publique France, l’ANRS-Maladies infectieuses émergentes (ANRS-MIE) et l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses), ce consortium représente la nouvelle arme de la France pour faire face aux menaces sanitaires.
Une collaboration renforcée pour le partage des données
Le consortium se fonde sur une approche « Une seule santé », facilitant ainsi l’intégration et le partage des données de séquençage entre différents acteurs du domaine. En collaborant étroitement, épidémiologistes, microbiologistes et bio-informaticiens unissent leurs efforts pour garantir une meilleure préparation face aux épidémies. Grâce à une base de données nationale (EMERGEN-DB) et un réseau de laboratoires spécialisés, les données cruciales sur les pathogènes peuvent être partagées et analysées efficacement.
Les premiers succès et le futur d’EMERGEN
Lancé initialement en 2021, EMERGEN a d’abord été conçu pour identifier et analyser les variants du SARS-CoV-2 pendant la pandémie de COVID-19. Grâce à une infrastructure robuste et un réseau de partenaires de confiance, il a permis d’accroître la capacité de la France à surveiller en temps réel l’évolution des pathogènes.
Dès sa création, le consortium a travaillé conjointement avec le Centre national de référence Virus des infections respiratoires et des laboratoires de biologie médicale. Ce partenariat a permis un échange rapide et fructueux d’informations, aidant ainsi à gérer efficacement l’urgence sanitaire posée par la COVID-19.
Extension des capacités de séquençage
Après une première phase réussie de 2021 à 2023, le consortium a recentré ses efforts sur l’extension de la surveillance à d’autres pathogènes prioritaires. Parmi ceux-ci, le virus Mpox et la grippe zoonotique sont désormais au centre des préoccupations, répondant à des urgences de santé publique jugées critiques par l’OMS en 2024.
Le renforcement des capacités de séquençage, notamment grâce au soutien des financements européens, a permis à EMERGEN de franchir un nouveau cap avec le lancement de sa version 2.0 en mars 2025. Cette évolution s’inscrit dans la stratégie d’accélération des réponses aux maladies infectieuses émergentes et aux menaces nucléaires, radiologiques, biologiques et chimiques définie dans le plan France 2030.
Contributions clés de Santé publique France
Santé publique France joue un rôle central au sein d’EMERGEN, assurant la surveillance, l’alerte et l’investigation autour des pathogènes. En 2024, un audit sur les capacités nationales de séquençage avait révélé que la France pouvait produire jusqu’à 40 000 séquences par mois en situation de crise. Ces capacités, déterminantes pour une réponse rapide aux urgences sanitaires, dépendent néanmoins de financements complémentaires pour être pleinement exploitables.
L’importance de l’approche « Une seule santé »
L’intégration de l’approche « Une seule santé » au cœur des activités d’EMERGEN est essentielle. Elle commande un échange étroit non seulement des données humaines mais aussi animales, afin de détecter plus précocement les maladies zoonotiques, qui peuvent franchir la barrière des espèces et affecter gravement la santé publique.
En renforçant le lien avec l’Anses, le consortium EMERGEN se dote d’une nouvelle dimension, permettant des analyses conjointes plus approfondies. Cette collaboration approfondie est cruciale pour anticiper les futures menaces et organiser une réponse sanitaire efficace.
La génomique : pilier de la santé publique moderne
La génomique joue un rôle fondamental dans la surveillance actuelle des maladies infectieuses. Santé publique France utilise quotidiennement les données de séquençage dans une approche intégrée, souvent en collaboration avec l’Anses, pour protéger la santé publique. Ainsi, même après la pandémie de COVID-19, l’utilisation de la génomique continue d’être un outil essentiel pour identifier rapidement les clusters épidémiques et comprendre l’épidémiologie des maladies émergentes.
En associant les Centres nationaux de référence et les laboratoires nationaux de référence de l’Anses, EMERGEN 2.0 avance vers une plus grande intégration des données. Un des projets phares est la création d’une base de données commune dédiée au virus de l’Influenza, facilitant la prévision et la gestion des virus d’origine zoonotique.
En conclusion, EMERGEN 2.0 représente un levier fondamental pour la France dans son engagement à anticiper et répondre aux défis posés par les maladies infectieuses émergentes. À travers le renforcement du réseau d’acteurs et l’utilisation d’outils génomiques avancés, le pays se prépare activement à toutes éventualités futures.
